赣南医学院第二附属医院作为辐射赣南南部地区的龙头医院，批准设置床位526张，37个临床、医技科室。规划在校学生数约一千二百多人。医院占地面积210亩，规划总建筑面积20万平方米，其中医疗区建筑面积6万平方米。按田字型分布为医疗区、教学区、学生公寓区、员工生活区四个区域。内含田径场、网球场、篮球场及其它运动场所。医院医疗区布局分为医院广场、门诊区、急诊区、住院区（1－2号住院部共14个病区）、后勤保障供应区、行政管理区、生活服务区等，绿地占有率达40%。全院8台电梯和无障碍设计及楼内生态小花园给人以无微不至的关怀。位于医院南面的门、急诊分别设置入口，采用共享大厅，星级宾馆化的门诊大厅宽敞明亮，无障碍设计的急诊抢救室，可灵活调整的医疗设施及其他附属用房等组成。医院西区为科教区，包括临床教学中心、医学研究中心、学术报告厅、图书馆等。