医院历史可追溯至1888年英籍埃及人巴阿美（A. Falmy）在漳州创办的福音医院。1936年12月，英国伦敦公会、英国长老会、美国归正宗教会、中华基督教闽南大会和中华基督教漳州区会，在福音医院的基础上合办漳州协和医院。1949年12月漳州协和医院从马公庙搬迁到漳州市医院现址。1952年1月29日漳州协和医院并入福建省第六专区人民医院，医院改称为龙溪专区医院（后称龙溪地区医院）。1986年改名漳州市医院。在市委、市政府的关心重视下，现已发展为医疗、教学、科研、预防、保健、康复和急救为一体的三级甲等综合性公立医院，是福建医科大学非行政隶属附属医院，也是华中科技大学同济医学院和福建中医药大学的教学医院。