广西壮族自治区妇幼保健院创建于1965年1月25日，隶属于广西壮族自治区卫生计生委，现形成三院（广西壮族自治区妇幼保健院、广西壮族自治区儿童医院、广西壮族自治区妇产医院）为一体的格局。是集保健、医疗、科研、教学和基层妇幼保健指导为主的三级甲等妇幼保健院、国家级爱婴医院、联合国儿童基金会与国家卫生计生委合作项目妇幼师资培训中心、广西妇幼卫生信息管理中心、广西新生儿疾病筛查中心、产前诊断质量管理中心、地中海贫血产前诊断中心、地中海贫血产前诊断技术培训基地、新生儿听力筛查与儿童听力障碍诊治管理中心等称号。2015年6月17日，广西壮族自治区机构编制委员会办公室批复同意广西壮族自治区妇幼保健院增设“广西壮族自治区出生缺陷预防控制研究所”。