医院创建于1915年，是崇明地区规模最大、设施最先进，集医疗、教学、科研和管理为一体的现代化综合性教学医院，连续七届被评为上海市文明单位。2009年，上海市政府提出“5+3+1”工程，政府授权上海交通大学医学院附属新华医院负责全面管理和建设工作。2013年被授予三级乙等医院称号。

　　医院占地面积112亩，建筑面积约11.2万平方米。核定床位数1000张，有33个临床科室，18个病区。骨科、肿瘤科和普外科被列为市级重点专科；普外科、全科医学科、呼吸内科、医学影像科和妇产科等7个学科是上海市住院医师规范化培训教学基地。肿瘤科、急危重症科、消化科和泌尿外科等13个学科是县级重点学科，医院设有内镜室、导管室、血透室、特需体检等多个诊疗平台。各学科特色明显，有腹腔镜、胸腔镜、宫腔镜、输尿管镜等微创治疗，超声、放射、心血管病介入诊治具有区域优势。医院在急危重症病、疑难杂症等疾病的救治水平属区域内一流。

　　医院作为上海交通大学医学院与安徽医科大学教学医院、蚌埠医学院附属医院，承担着一定的教学任务，培养了大批医学生；近年来医院广纳贤才，同时通过优青选拔、导师制培养搭建人才梯队，为医院发展注入活力和生机。目前，医院在职职工1170人，专业技术人员占职工总人数的82%。其中，具有中高级职称的占专业技术人员52%。新华总院派遣专家达46位，其中，常驻专家32位；正高级职称30位，占65.22％；博士27位，占58.70％；博导、硕导22位，占47.83％。科研教育与学科建设取得有效突破。医院目前是上海市唯一卫生部指定肿瘤规范化诊疗试点医院；成立了上海市崇明新华癌痛转化研究所暨上海大学生命科学学院医药转换研究基地，癌痛转化研究实验室为市级实验室。获得国家级继续教育项目10项。2012年成为上海市全科医师规范化培训基地。