北京水利医院始建于1978年，占地面积7492平方米，建筑面积12222.9平方米。是一所医教研防相结合、科室齐全、设备先进、技术优良、服务周到的二级甲等非盈利性综合医院，是北京积水潭医院骨科医联体单位，北京市首批基本医疗保险定点医院，北京市水务局直属事业单位。

　　1989年1月经市委、水利部、市委组织部、市农办、市水利局等主要领导同志共同研究，将“北京市水利职工医院”改为“北京水利医院”和“水利部北京总医院”，由市农工委与水利部共同管理。

　　2000年，根据京农发[2000]15号文件要求，将北京水利医院人、财、物管理权全部交回市水利局管理。

　　截至2014年底全院有卫生技术人员591人，其中卫计人员506人，医生143人，护士311人，技师52人；正高人员10人，副高人员32人，中级职称人员120人。

　　机关部门设有综合办公室、医务处、组织人事处、医保办、护理部、院感科、疾控办、离退休办公室、行政处、保卫处。

　　科室设有内科、外科、创伤科,三大病区，六个病房，门诊设有内科、外科、骨科、手外科、妇科、儿科、眼科、口腔科、耳鼻喉科、中医科、水务医疗办、皮科、针灸理疗科、急诊科、感染科、预防保健科、体检科，医技设有放射科（含CT室）、药剂科、检验科、病案统计科、病理科、B超室、胃镜室、心电图室、社区卫生科等科室，有4个社区卫生服务站。