安徽医科大学附属巢湖医院前身是中国人民解放军皖南军区陆军医院，1951年9月成立于芜湖市。1952年6月，奉命迁移至肥西张新圩，同年8月集体转业并移交省卫生厅，更名为安徽省第四康复医院。1954年3月，迁到巢湖市现址。1960年7月，更名为安徽省立巢湖医院，隶属省卫生厅。1969年，巢湖行署成立后，医院下放巢湖地区，更名为巢湖地区人民医院。2000年，巢湖撤地设市，医院更名为巢湖市第一人民医院。2006年3月，被评为三级甲等医院。2011年3月，成为安徽医科大学非直属附属医院。2011年9月，因区划调整，医院被划转为合肥市卫生局直属事业单位。2012年12月，经省人民政府批准，医院移交安徽医科大学管理，更名为安徽医科大学附属巢湖医院。经过六十多年的建设和发展，已成为一所集医疗、教学、科研、预防、保健、康复等功能为一体的综合性医院。