南京扬子医院前身是成立于1986年的扬子石化公司医院，1993年更名为中国石化扬子石油化工公司医院，1997年通过省卫生厅评审验收，被卫生部授予“二级甲等”医院。2005年3月，根据中石化主辅分离的精神，医院实施改制分流，从扬子公司剥离，在市民政局注册，更名为南京扬子医院，为民营非营利性医院，医政管理隶属于南京市卫生局。2010年通过省卫生厅组织的等级医院复核评审。南京扬子医院是一所综合性二级甲等医院、国家级爱婴医院、南京市首批医疗保险及工伤定点医院、南京市“AA”诚信医保定点医院。医院被市民政局授予先进单位，多次荣获南京市“三信三优”单位、医疗保险定点服务先进单位、“120”先进分站等荣誉称号。