黑龙江省中医研究院的前身是成立于1957年的“黑龙江省祖国医药研究所”（俗称“祖研”），是全国成立最早的省级中医药科研医疗机构之一。随着规模的发展和功能的不断健全，1985年更名为“黑龙江省中医研究院”。为了充分发挥医院的中医医疗优势，1995年经黑龙江省编委批准加挂了“黑龙江省中医医院”的牌匾，同年被评为三级甲等中医医院；现已发展成为集医疗、科研和研究生教育于一体的综合性中医药科研医疗机构。先后被确定为黑龙江省和哈尔滨市城镇职工医疗保险和哈尔滨铁路医保定点医院。先后两次荣获卫生部、国家食品药品监督管理局、国家中医药管理局联合授予的“全国卫生系统先进集体”的荣誉称号。2008年被国家中医药管理局确定为重点中医院建设项目单位。2009年被国家科技部确定为中药研发技术创新服务平台建设单位。2010年在国家中医药管理局中医医院管理年活动检查评估中取得黑龙江省第一名、全国第五名的好成绩。2010年被黑龙江省委、省政府评为推进八大经济区和十大工程建设先进单位。