南京市儿童医院创建于1953年4月，前身为南京方济各玛丽亚女修会1936年创办的圣心儿童院。现占地面积28086平方米，建筑面积44651平方米。1990年成为南京大学医学院教学医院，1997年被评为江苏省三级甲等儿童医院，1999年成为南京医科大学附属医院，是一所集医疗、科研、教学、预防、康复于一体的综合性儿科医学基地。医院专科齐全，涵盖儿童医疗各个领域。技术力量雄厚，已开展许多世界前沿的先进诊断、治疗技术和高难度手术，专科特色突出。小儿心胸外科为江苏省“科教兴卫工程”医学重点学科，同时小儿心胸外科、新生儿医疗中心、小儿呼吸内科、小儿肾病科、小儿外科（含普外科、骨科、神经外科、新生儿外科、泌尿外科、烧伤科、整形科）为省级临床重点专科，小儿心血管内科、急诊医学科为市级医学重点专科。