南京市中西医结合医院是一所集医疗、教学、科研、预防、保健、养生为一体的三级甲等中西医结合医院。医院现为国家重点中西医结合医院建设单位、国家“治未病”预防保健服务试点单位、卫生部国际紧急救援中心网络医院。 医院现有国家、省、市级重点专科、专病13个，其中中西医结合外科（瘰疬、骨痨）是国家中医重点专科，肺外结核病是国家中医重点专病，儿科为国家中医重点专科建设项目、治未病科为国家中医重点专科培育项目。瘰疬科是江苏省中医重点临床专科，中医疮疡病学为江苏省“十二五”中医药重点学科建设项目，妇科为江苏省中医重点专科建设单位，瘰疬科是南京市首批中医重点临床专科，骨伤科是南京市中医重点临床专科。脾胃病科、急诊科、肛肠科和针灸科为南京市中医重点专科建设单位。