医院前身为建于1947年的云南大学医学院附设医院分院，1950年改为云南省人民政府卫生处总门诊部，1955年改建为云南省中医医院，1960年划归云南中医学院管理并更名为云南中医学院附属医院，1995年恢复云南省中医医院名称并为医院第一名称，2003年1月云南中医学院附属医院更名为云南中医学院第一附属医院。医院于1994年被评定为三级甲等中医医院，2007年被评为云南省中医名院，2009年被列为云南省中医临床研究基地建设单位，2012年经国家中医药管理局复审再次被评为三级甲等中医医院，是集云南省102家省、州（市）、县（区）中医院和相关单位为一体的云南省中医医疗集团总医院，目前实行云南省中医医院、云南中医学院第一附属医院、云南省中医医疗集团总医院、云南省针灸推拿康复医院、云南中医学院临床医学院五块牌子一套班子的管理运行模式。系国家药物临床试验机构、国家中药现代化科技产业（云南）基地中药新药GCP中心及国家中医药国际合作基地、中医医院信息化示范单位、中医药文化建设示范单位、中医药标准研究推广基地建设单位、基层常见病多发病中医药适宜技术推广能力建设单位、全国城市社区中医药知识与技能培训示范基地。

　　目前，医院光华院区实际开放床位742张，2014年年门诊量120万人次、年出院患者2.3万人次。现有职工（含离退休）1600人，其中在职职工1187人，有专业技术人员1114人（高职164人、中职233人、初职717人；离退休职工413人，有专业技术人员328人

　　（高职107人、中职176人、初职45人）。国家级和省级名中医22人、传承博士后导师1人、博士研究生导师3人、硕士生导师114人。设有35个临床及医技科室、1个治未病中心；9个临床教研室、1个模拟实验中心，4个社区门诊部及1个能生产14种剂型80个品种的现代化中药制剂中心。在全院职工的共同努力下，有建成和在建的国家临床重点专科4个和国家中医药重点学科10个、重点专科10个、重点研究室1个、名医工作室12个、中医药特色优势学科继续教育基地3个、全国中医学术流派传承工作室1个，以及云南省名医工作室5个、中医名科8个、重点专科（专病）27个；有国家级特色专业1个、国家教育质量工程建设项目2个、省级特色专业2个、硕士研究生学位授予点8个、省级重点学科2个，云南省中医、中西医结合研究所和研究中心中心11个，云南省高校科技创新团队、教学团队、重点实验室建设项目各1个。具有独立申报国家自然科学基金项目资格，主持有国家“863”计划重大科技专项、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、国家科技攻关计划等科研项目。有MRI、全身螺旋CT、大型数字X线机、彩超、全自动生化分析仪等医疗设备。

　　几年来，医院党、政、工、团、妇集体先后获得的表彰、奖励、荣誉称号有全国医药卫生系统先进集体、全国三八红旗集体、全国抗震救灾重建家园工人先锋号、全国中医医院中医药文化建设先进单位、全国中医药继续教育管理先进集体、全国百姓放心示范医院、全国中医药应急工作先进集体、全国教科文卫体系统模范职工之家、云南省社会扶贫先进集体、云南省三八红旗集体、云南省巾帼文明岗、云南省中医名院、云南省卫生系统抗震救灾先进集体、云南省五四红旗团委等，“患者说了算”服务模式荣获“全国医药卫生系统创先争优活动党建工作品牌特色奖”，云南省中医药工作先进集体。