南方医科大学中西医结合医院隶属于南方医科大学(原第一军医大学)，大学紧跟广东省建设“中医药强省”计划，决定以中医药学院为依托，发挥学校国家重点学科中西医结合临床医学学科群和学校中医中药、西医等学科齐全的优势，在南校区广州海珠区石榴岗新建一所具有1000张病床规模，融医疗、教学、科研为一体、国内一流的研究型三级甲等现代化中西医结合医院。广东省委、省人民政府《关于建设中医药强省的决定》(粤发[2006]3号)明确提出：“支持南方医科大学发挥中西医结合学科群优势，建设一所投资主体多元、医教研一体、国内一流水平的南方中西医结合医院”。中医药学院前身是原中国人民解放军第一军医大学中医系，有35年的发展历史，原是全军唯一的中医药医教研基地。现有国家重点学科1个(中西医结合临床)，国家中医药管理局重点学科5个(中医脑病学、中医肾病学、中药制剂学、中医痹病和中药药理学)，重点专病3个(中西医结合风湿病、中西医结合慢性头痛病、针灸推拿)，是国家中医药管理局“治未病专科中心”，还有广东省中医药局重点专科2个(中西医结合脾胃科、中西医结合肝病科)，国家中医药局科研三级实验室3个(中药制剂、中药药理和分子生物学实验室)，广东省重点实验室1个(中药新药研究室)。中医药学院专家早期研制的三九胃泰、壮骨关节丸、正天丸、金关片、尿毒清中药新药等享誉海内外，产生了较好的经济效益和社会效益。