明嘉靖四十三年，在北京城西南取“安定、安宁”之祥意，建右安门，以护城市的安康。建国初期，彭真市长亲临右安门外，规划始建北京第二传染病医院，其建筑规模与学科设置均为亚洲之首。1989年更名为北京佑安医院。2003年成为首都医科大学附属北京佑安医院、首都医科大学第九临床医学院及首都医科大学传染病学系主任委员单位。相继建有北京市肝病研究所、北京市中西医结合传染病研究所、国家中西医结合肝病重点专科、北京市乙型肝炎与肝癌转化医学重点实验室、北京市艾滋病重点实验室、北京市重大疾病临床数据样本资源库、国家药物临床试验机构、首都医科大学肝病与肝癌临床研究所、北京市国际科技合作传染病转化医学基地。医院与美国华盛顿大学、英国牛津大学、加拿大卡尔加里大学联合共建：中美传染病及慢性相关性疾病临床研究合作中心、中英感染与传染病联合临床研究基地、中加联合肝病研究所等临床科研机构；同时承担卫生部全国传染病专科医师进修基地、国家中医药管理局传染病、艾滋病中药治疗基地。