上海交通大学医学院附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院（以下简称“九院”），2005年上海第二医科大学与上海交通大学正式合并，九院改名为上海交通大学医学院附属第九人民医院（以下简称“九院”）。2014年11月，经上海市人民政府同意，上海交通大学医学院附属第九人民医院与上海交通大学医学院附属第三人民医院（前身宝钢医院，属三级综合性医院）资源整合，南北院区，统一布局，统一管理，上海第三人民医院第一冠名为“上海交通大学医学院附属第九人民医院（北院）”，第二冠名为“上海交通大学医学院附属第三人民医院”。

　　九院是经上海市卫生局核准登记的政府主办的非营利性三级甲等综合性医院。医院总部地处上海市中心城区黄浦区（制造局路639号），北院/三院地处上海北翼宝淞地区（漠河路280号）。同时，在本市浦东新区由由地区设有九院浦东分院（严镇路166号）、和高科口腔医疗美容门诊部（严桥路350号），徐汇区设有虹梅口腔医疗美容门诊部（虹梅路3310号）、静安区设有大沽口腔医疗美容门诊部（大沽路388号）。医院承担本市区域基本医疗服务，主要从事急危重症和疑难疾病的救治，也是上海市120的定点医院，上海市口腔干部保健医疗定点医院。

　　九院总占地面积109亩（南部61亩、北部48亩），总建筑面积21.2万平方米（南部14.7万平方米、北部/三院6.5万平方米）。总核定床位数1650张（南部1000张、北部/三院650张），实际开放床位1819张（南部1019张、北部/三院800张）。口腔综合椅位308张，临床科室38个，医技科室10个。全院职工近3973人。九院现拥有3位中国工程院院士：著名整复外科专家张涤生教授、口腔颌面外科专家邱蔚六教授、骨科专家戴尅戎教授，医院现已成为一所学科特色鲜明、具备一定临床科技创新核心竞争力、国内知名的三级甲等综合性医院。