医院始创于1948年，前身为中国红十字会青浦分会医院，2002年1月冠名为复旦大学附属中山医院青浦分院、上海市青浦区中心医院。1995年被世界卫生组织（WHO）认定为爱婴医院，1998年起连续七届被评为上海市文明单位，2003年被指定为青浦区台胞台商定点医院。2008年，在新一轮上海市区域卫生规划项目中被纳入郊区三级医院建设单位之一，2012年底圆满完成了三级医院等级评审工作。