北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。2011年，经广东省医院评审委员会评审，认定为三级甲等医院。

医院开设52个临床医技科室，其中1个国家级合作重点学科、8个省级临床重点医学专科、1个省级重点实验室、8个市级重点学科及实验室。医院开展的一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。2014年医院年门急诊总量约295万人次，年出院病人4.98万人次，年手术量3万多台次。作为临床医学院，医院设立了内、外、妇、儿等二级教研室23个，三级教研室27个。年接收北京大学本科、研究生、临床实习生50多名，其他实习、进修人员100多名。