文山州皮肤病防治所前身为云南省皮肤病研究所,1969年12月由昆明迁至文山而成立，是全省独立运营的两家专业皮肤病防治机构之一，是负责全州麻风病、性病、艾滋病、皮肤病的防治、研究、监测及培训的专业医疗机构,2008年被中国麻风病性病防治中心确立为麻风病性病国家科研和康复手术基地。主管部门为文山州卫生局，单位性质是公益性卫生事业单位，单位原址在文山市西华路25号。2012年初，位于文山市新平社区小冲村的新住院楼竣工投入使用，单位基本完成整体搬迁，防治及医疗环境得到了较大改善，基本满足广大患者就医需求。单位发展目标是打造西南地区一流的集临床、科研、预防为一体的现代化皮肤病防治专科医院。

单位内设机构有党政办公室、麻风病性病防治科、医务科、护理部、药剂科、财务科、总务科、社会服务部共8个管理科室和皮肤一科、皮肤二科、男性科、皮肤整形外科、检验科、病理科、治疗室、医学美容室、光疗室、手术室等十多个临床业务科室，拥有病床200张，西华路原址有皮肤科门诊，承担着西山社区卫生服务站工作。