镇安县中医医院于1986年6月经县政府批准成立。1988年8月依靠2.5万元资金和4名工作人员租民房4间开诊营业，当时仅有3个门诊科室、1个药房、1个注射室。之后六易院址，艰苦创业，中医医院业务量逐渐扩大，至2000年中医医院第一基地建成，有业务用房3200㎡,并逐步发展为中医特色突出，中西医并重，集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的综合性县级中医医院。2006年得到国家重点中医院建设项目的扶持，2008年10月经区域卫生资源整合迁入现址，2009年10月医院获得省中医局二级甲等中医医院评审命名。