红河州传染病医院所属行政区划为红河州蒙自市雨过铺镇，虽地处城市郊区，但位于云南省蒙自市、个旧市、开远市、建水县城市群落半小时交通区的交汇点上。泛亚铁路、昆（明）河（口）高速公路从该院旁经过，交通十分便利。

目前，该院占地面积100亩，功能划分为传染病病区50亩、精神病病区16亩、行政办公区及生活区34亩；建筑面积14748.8平方米；病床编制300张，现实际开放病床150张；医院核定人员编制100名，现有在职职工86名，其中大专及其以上学历61人；副高级职称3人，中级职称7人。开设医疗业务科室有精神病专科1个及综合病门诊1个。机构编制的内设职能、业务科室有党政办公室、医务科、护理部、药剂科、财务科、总务科、人事科、呼吸传染病科、肠道传染病科、艾滋病科、精神病科、综合病科、门诊部、急诊科、放射科、检验科。