门头沟区妇幼保健院是一所二级甲等妇幼保健机构，属副处级差额事业单位，前身是妇幼保健所，成立于1978年。从1990年开始，妇幼保健所在全区内开展孕产妇死亡监测，围产儿、0-6岁儿童死亡监测工作。1992年9月17日，妇幼保健所通过市卫生局、市民政局、市计生指导所婚检工作验收，被定为门头沟区婚检保健单位。1995年7月1日开始开展婚前检查工作。1998年8月14日，经区编办批准，更名为“门头沟区妇幼保健院”，编制50人。同年9月，妇幼保健院竣工投入使用，迁址新桥南大街9号（2005年3月8日改名为门头沟区新桥南大街5号），建筑面积2513平方米，开放床位30张，科室18个，工作人员45名，主要承担着全区妇幼保健、计划生育等工作，是全区妇幼保健业务指导中心和技术培训中心。1999年8-9月，先后通过北京市卫生局爱婴医院及助产单位验收工作。2000年7月，通过北京市卫生局二级甲等妇幼保健院的验收。2005年12月，通过北京市卫生局二级甲等妇幼保健院绩效评审工作。2007年4月，妇幼保健院通过ISO9001质量管理体系认证，成为门头沟区卫生系统第一家通过此项质量认证的医疗单位。2011年3月妇幼保健院门诊医生工作站通过北京市医保验收，正式投入使用，实现了处方电子化。2013年，妇幼保健院设有妇保、儿保、群体保健、口腔保健等保健科室；妇科、产科、儿科、口腔科、计划生育等临床一级科室；医技科室及其他相关特色科室等。目前拥有万元以上的医疗设备157台。全院现有职工180名，其中编制人员59名，合同制人员90名，外聘、返聘人员31名。2013年年底妇幼保健院将要建成地上8层地下2层的现代化妇幼保健院，建筑总建筑面积达到18095平方米。