山西医科大学口腔医学系始建于1983年，山西医科大学口腔医院以山西医科大学口腔医学系为依托，由原口腔医学系的口腔门诊发展而来，于1997年4月20日正式开展临床诊疗工作。

1998年4月20日，山西医科大学口腔医院正式挂牌成立。现下设牙周粘膜病科、牙体牙髓科、口腔综合科、口腔修复科、口腔正畸科、口腔颌面外科、口腔种植科7个临床科室，消毒供应室、影像科、药剂科、检验科4个临床辅助科室和院办、教学办、人事科、财务科、党务宣传科、设备材料科、医务科、院感科、总务基建科、门诊办、护理部11个职能科室。