杭锦后旗医院现已成为一所集医疗、救治、预防保健、康复指导、人才培训、技术指导、科研教学于一体的国家二级甲等综合性医院，设有心内科、神经内科、呼吸内科、普外科、神经外科、泌尿外科、肿瘤外科、妇产科、儿科、急诊科、麻醉科、综合科、骨科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、中医科、皮肤科、肛肠科、体检科、康复科、不孕不育科、糖尿病专科、高压氧科、ICU科等临床科室20多个。