医院坐落于浙江舟山群岛新区六横开发建设管理委员会。1993年六横被列为全国海岛资源综合开发试验区，1996年被列为浙江省社会发展综合实验区，是全国小城镇综合改革试点镇，2010年被浙江省列入小城市培育试点。随着舟山新区建设的加快推进，六横将打造成为国际化、现代化、生态化的综合临港产业岛和港口宜居城市。六横距宁波北仑6公里海峡，被称为“宁波海上后花园”，与海天佛国普陀山，中国渔都沈家门，沙雕胜地朱家尖，武侠之乡桃花岛仅一水之隔，海陆交通十分便利。

医院始建于1952年，1987年改称为普陀区第二人民医院。2004年为开发需要与浙江省舟山市普陀人民医院整体合并，增挂普陀人民医院六横分院牌子。经过60年的发展，医院现已成为六横岛上规模最大、设备最齐全、医疗技术最权威的，集门诊、住院、健康体检于一体的综合性二级医院，是医保、农保定点医院，惠民医院和免费婚检指定医院。投资上亿的新住院部大楼已于2014年3月13日正式投入使用。老院区改造后的医院门急诊也于2014年10月1日正式投入使用。