哈尔滨工程大学医院创建于1953年。它随着哈尔滨军事工程学院的诞生应运而生，是一所融医疗、急救、预防、保健等功能为一体的综合性医院。50多年来，经过几代医疗卫生人员的不懈努力，现已发展成为学校师生员工及校区周边地区急诊急救、医疗服务、预防、保健中心。

医院以“患者至上，亲情服务”为院训，把“以病人为中心，以质量为核心”做为医院工作的总轴心。在工作中以人为本，尊重、关心、帮助每一位病人，把病人的“满意度”做为医院工作永恒的追求。在医疗服务中切实提高服务质量，确保安全，多次成功抢救急性脑出血、脑梗死、心肌梗死、急性重症胰腺炎等危重病例，赢得了患者及周边群众的广泛好评。

2001年学校对医院进行了整体搬迁和扩建，改建后的医院环境优美，布局合理，功能齐全。现医院坐落于校区内军工操场的西南角，左邻学校招待所、右邻学校体育馆，占地面积3000多平方米，医疗用房面积5000多平方米。拥有一支较强的医疗技术骨干队伍，在67名职工中，正、副主任医师16人，中级医技人员18人。设15个科室，内、外二个病区，开放床位58张。