伊通满族自治县民族医院的前身是伊通满族自治县中医院，始建于1984年,座落于伊通镇人民大路1337号，是集医疗、科研、教学、预防、保健为一体的二级甲等医院。是县委县政府确定的重点发展医院。承担全县48万人口和比邻7个市县近20万人口的医疗保健任务。是我国唯一一所从事满族医药研发的科研单位。医院现有职工336名，其中卫生技术人员占92.7%，中级以上职称占卫生技术人员的42%。开放病床510张。拥有固定资产1.9亿元。

1996年以来，医院在新一届领导人班子的带领下,与全院职工一道同心同德、勇于创新，克难求进，励精图治，医院从无到有，从小到大，从弱到强，不断扩大医疗服务功能，增强医院的综合实力，管理上形成了自己的优势和特色，使医院发生了历史性转变，成为全县卫生系统的先进单位，省级精神文明单位。医院的服务质量、医疗技术水平在我县同行业中占领先地位，在省内同行中脱颖而出，一跃跨入省内先进单位行列。

2004年9月更名为伊通满族自治县民族医院，为解决百姓就医条件和环境，2006年移址新建现代化综合楼，医院占地面积1.68万平方米，总建筑面积3.4万平方米。