昆明医学院口腔医院前身为创建于1979年的口腔医学系，2001年10月学校根据建设发展的需要更名为口腔医学院，2004年9月经省委省政府和省卫生厅批准，整合第一附属医院6个口腔临床科室和第二附属医院口腔科组建昆明医学院附属口腔医院，于2006年10月18日正式挂牌。昆明医学院口腔医学院（医院）经过不断的建设和发展，现已成为云南省唯一集教学、医疗、科研为一体的口腔医学人才培养基地。口腔医学院和附属口腔医院目前实行“两块牌子，一套班子”的管理模式，设有综合办公室、工会、团委、学生办公室、教学管理办公室、财务科、医护科、科教科和后勤设备科等部门。现有正式在编职工118名，其中教授（主任医师）5名，副教授（副主任医师）36名，讲师（主治医师）40名；具有博士学位者12名，具有硕士学位者34名。博士生导师1名，硕士生导师21名。外聘职工67名，其中财务及管理11名，护士39名，保卫7名，工勤10名。